阅尔基因Nature子刊最新技术,仅需250x测序深度即可检测到低频DNA变异

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资讯来源:小桔灯网
发布时间: 2021-05-04

来源:小桔灯网

休斯顿

2021年5月3号

专注从事超灵敏度测序分析的基因组学和分子诊断公司,阅尔基因(NuProbe),发表了一项研究成果,仅需250x的测序深度即可检测变异等位基因频率低至≤0.02%的单核苷酸变异。该成果发表在5月3日出版的《Nature》子刊《Nature Biomedical Engineering》杂志上,是基于抑制探针置换扩增技术(BDA)的最新研究。BDA是一种基于PCR技术的新型富集方法,可在野生型DNA背景中选择性扩增低丰度序列变异(SNV和Indels)。




尽管下一代测序技术(NGS)是检测高度复杂DNA信息特征最有力的方法之一,但是在检测变异等位基因频率(VAF)低至0.1%的单核苷酸变异(SNVs)时,需要的测序深度高达60,000x,因此其费用非常昂贵,单个样本的测序成本可能超过1000美金。研究数据表明,通过阅尔基因授权和开发的多重抑制探针置换扩增技术(mBDA),在NGS平台上仅需250x的测序深度即可针对VAF低至0.1%的DNA突变进行检测和定量。应用该技术可节省高达99.5%的测序成本



耶鲁大学医学院的肿瘤学家,该项研究的共同作者

Abhijit Patel博士说:

“尽管利用NGS方法来研究低频变异信息已经非常广泛,但这是首次利用等位基因富集技术,通过10重以上扩增子建库和低深度NGS分析检测低频变异的研究,并且扩增子建库的规模可以扩大。”


除了减少单个样本的检测周期与成本之外,独特的mBDA技术还使得在中低通量的桌面NGS测序仪上进行液体活检成为可能,大大有助于液体活检应用至更多中小分子实验室。应用mBDA技术不仅减少了测序深度,也大幅减少了生信分析周期及数据存储成本。


该研究的主要作者,莱斯大学高级研究科学家,阅尔基因高级科学顾问

Song Ping博士说:

“这些研究成果支持将mBDA用于临床样本的去中心化NGS检测,尤其适用于低频体细胞突变。通过mBDA技术,我们可以监测癌症患者的DNA图谱,不仅可以监测现有突变的变化,还可以实时识别新的耐药性变异。通过加速精准医学的应用,我们希望能够改善癌症患者的预后。”


莱斯大学生物工程学副教授,阅尔基因联合创始人兼创新中心负责人

David Zhang博士说:

“阅尔基因近期发布的VarMap泛癌种NGS Panel,就是基于mBDA技术开发,旨在为液体活检NGS分析平台提供价格合理、容易获得且保障检测结果准确的试剂。从最初发布mBDA的研究至今,我们进一步提升了技术的广度和深度。此外,我们的多个NGS Panel现已在各类测序平台(包括Illumina、Ion Torrent、BGI和Oxford Nanopore等)上针对临床样本检测进行了验证。”


关于阅尔基因


阅尔基因是一家领先的全球基因组学公司,拥有多项革命性的分子诊断技术,可将所有NGS平台的测序成本降低50倍以上,并将qPCR,Sanger和纳米孔测序的灵敏度提高100倍以上。阅尔基因在美国休斯顿,中国上海、苏州、北京均设有分部。阅尔基因的愿景是创造负担得起的、及时的和准确的基因分析工具,与诸多合作伙伴一起,来实现精准医疗并改善患者预后。


官网:https://www.nuprobe.com.cn/

  

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