有哪些IVD原料的核心分子酶应用到mRNA疫苗研发生产中呢?

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关键词: 研发哪些疫苗有哪些IVD
资讯来源:医业观察
发布时间: 2022-03-16

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这是医业观察的第1360-5期文章


来源:生物世界,IVD原料网


新冠疫情依然剑拔弩张,虽然大家已经习以为常,攻克新冠的道路艰难险阻,但也义无反顾,其中,mRNA疫苗研发如火如荼的在进展中,也为IVD上游产业链分子酶原料带来了勃勃生机。


测算mRNA制备过程中酶和核苷酸底物成本:小规模体外转录合成100ugmRNA成本约20元,工业生产酶的出厂价为小规模实验室规模采购价格的1/3左右,则预计成本在6元-7元左右。则1亿剂mRNA疫苗(以100ugmRNA/支为计),带来酶和核苷酸底物成本需求的规模在6-7亿元,则10亿剂mRNA疫苗,规模在60-70亿元左右。


下面就一起看一下在整个mRNA疫苗研发生产中会用到哪些IVD原料中的分子酶!


mRNA疫苗生产流程


第一步:DNA质粒制备


mRNA疫苗的生产可分为三大阶段,一是DNA原液制备,二是mRNA原液的制备,三是利用脂质微粒进行包封。在此,我们以辉瑞/BioNTech新冠疫苗BNT162b2的生产流程为例进行阐述。


原液制备开始于质粒构建。通常使用的DNA质粒为环状质粒,质粒上含有设计好的序列模块,其中包括刺突蛋白编码。利用电流打破细胞膜,并将环状DNA质粒引入大肠杆菌。此后,大肠杆菌被储藏于含有大量营养物质的溶液中进行繁殖扩增。大肠杆菌每20分钟分裂一次,4天内可以得到数万亿DNA质粒。提取并纯化DNA质粒,过滤溶液,去除细菌及其他物质。利用酶将纯化后的环状DNA质粒切割为链状。将所得溶液分装冷藏,通过质量控制环节,并运送至下一阶段的生产加工场所。此阶段生产过程耗时10天,若将质控和运输环节纳入考虑则共耗时约17天。



第二步:体外转录


第二阶段的目的是将DNA链转化为mRNA。上一步制备得到的DNA链与酶和核苷酸混合在10加仑容量的容器中,RNA聚合酶(RNA polymerase)会将DNA转录为mRNA。这一步骤被称为体外转录(IVT)。得到mRNA后,DNA以及其他物质将被滤除,mRNA被装进购物袋大小的塑料包装中,每袋含有约500万到1000万剂次的mRNA原料。经过经过质量控制和运输到达下一生产环节,这一阶段的生产耗时约4天,质量控制和运输耗时12天,共16天。


第三步:递送系统装载


第三阶段的流程目的是将mRNA包裹进脂质载体(LNP)中。脂质悬浮于酒精溶液中,与mRNA接触并将其包裹,两种物质通过相反电荷相吸引。之后,原液经过切向流过滤(TFF)滤除溶液中多余的脂质、酒精等杂质,并制成最终的mRNA疫苗溶液。此生产过程耗时约12天。辉瑞目前在一家位于密歇根的工厂进行这一阶段的生产,生产场地面积仅相当于一个能容纳一辆汽车的车库大小。场地内有100台混液装置工作,在30小时内制造了300万剂次的疫苗原液。此阶段是mRNA疫苗生产的最大瓶颈之一,其中一个重要原因是市场上提供脂质的厂商有限,因此辉瑞已开始自主研发制造脂质。但其中涉及的专利等问题仍旧为这一阶段的放大生产蒙上了一层阴影。



第四步:灌装检验

在上述三个生产阶段都完成后,mRNA疫苗原液已完成,只待灌装分发。辉瑞一管容器中包含6剂次的疫苗原液量。辉瑞位于密歇根州的工厂能够在2天内完成100万剂次的灌装。随后,经过2周的纯净度检测及其他安全性检测,疫苗便能销往世界各地。此过程共花费约19天。


以上所有生产灌装环节耗时约64天。


mRNA疫苗两大核心竞争力:序列结构、递送系统

以上我们分析了mRNA疫苗对于需求端相较于其他技术路径疫苗的优势与不足,可以确定的是,mRNA在需求端的吸引力正在不断上升。那么在供给端,决定mRNA疫苗竞争格局的要点与瓶颈集中在两大因素上:mRNA序列结构和疫苗递送系统


 mRNA序列结构决定抗原蛋白结构、免疫原性及稳定性


疫苗产生的抗原蛋白的序列以及稳定性决定了其激活的特异免疫的精确性和活性。而抗原蛋白的序列和结构则由mRNA序列影响和控制。因此,mRNA序列决定了疫苗的质量,也是mRNA疫苗厂商的核心竞争力之一。


上文中提到生物学“中心法则”:DNA转录为mRNA转译为蛋白质。事实上,mRNA中只有部分片段会成为组成蛋白质的序列,其余部分则控制调节蛋白质的转译效率和结构。mRNA序列中,最终被转译成为蛋白质组成序列的部分被称为编码区域(translatedregion),编码区域前后分别有一个非转译区(untranslated region,UTR)。


编码区域决定了蛋白质中的氨基酸序列。编码区域中三个碱基为一组,称为密码子(codon)。密码子经转译成为特定的氨基酸,氨基酸串联后形成肽链,结构化后成为蛋白质。部分密码子组合会转译成同一种氨基酸(同义密码子Synonymouscodon),但在不同生物族群中,会存在对某一密码子组的偏好,此密码子组合的免疫原性较小,不易遭到酶类的攻击,而它的同义密码子则可能引起过敏反应并且导致质量下降。例如CAA、CAG均对应谷氨酰胺(Gln),但人类基因组中使用CAG更频繁,频率达到73%。因此CAA相较而言更有可能触发免疫反应。因此,mRNA疫苗需要选择最接近人源性的同义密码子,规避可能引起过敏反应的组合以保证安全性和转译质量。非转译区则调控mRNA和蛋白质的稳定性以及表达效率。


mRNA序列是疫苗研发中的重点,也是行业内竞争的核心。除了含有抗原蛋白编码外,序列其他部分也直接影响mRNA疫苗的质量。


编码前后的非转译区(UTR)负责调控转译以及蛋白表达,对mRNA的转译效率、半衰期、最高表达水平等数值有影响。转译效率可用来推断相同单位mRNA疫苗产生抗原的速度、半衰期用以推断mRNA能够产生抗原蛋白的时间、表达累计最高水平用以推断每单位mRNA在某一时刻能产生的抗原量的最高水平。同时,UTR中的GC水平、U水平均会影响mRNA的免疫原性,对疫苗的安全性和能否正常产生抗原造成影响。UTR需要在DNA质粒建立时包含在序列中,属于序列设计的一部分。


3’端多聚A尾(poly-A tail;A指腺苷,4种基础核苷酸的一种)位于mRNA尾部3’端,长度约100-250单位。多聚A尾能够提高mRNA的稳定性和转译效率。腺苷(A)能够降低核糖核酸酶(RNases)的效率,以此减缓mRNA的降解速度。多聚A尾可在建立DNA质粒时直接包含于编码中,也可在DNA转录为mRNA后通过聚合酶(poly-A polymerase,PAP)添加于mRNA尾部。


同时,位于mRNA最前端的5’帽结构对于降低mRNA免疫原性,增强稳定性和翻译效率有正面影响。5’帽结构是一个位于mRNA序列之前的反向7-甲基鸟苷(m7G)。在体外转录(IVT)过程中,mRNA5’端会含有三磷酸盐部分,具有很强的免疫原性。若不去除这一部分,当mRNA被递送进入人体细胞后,mRNA会在细胞质中引起IFN-1免疫反应,无法在人体内正常转译产生蛋白抗原。加帽过程可在DNA转录为mRNA的生产过程中或过程后进行,利用vaccinia capping enzyme将5’帽结构按正确方向固定在mRNA的5’端。但是此过程不能保证三磷酸盐完全被去除,所以仍旧存在引起细胞内免疫反应的风险,因此加帽工艺对疫苗的安全性有直接影响。


以上我们可知决定mRNA疫苗发展要点与瓶颈集中在两大因素上:mRNA序列结构和疫苗递送系统。核酸经过修饰从而获得高质量的mRNA疫苗,已被广泛应用于医药领域(包括此次新冠mRNA疫苗/药物的合成)也成为mRNA疫苗研发生产环节!

汇集一下使用到的分子酶



mRNA疫苗的研发与生产需要一系列酶的参与:mRNAT7聚合酶、无机焦磷酸酶、RnaseInhibitor、加帽酶以及2′O-甲基转移酶、Poly(A)聚合酶和DNAase等7种酶以及核苷酸底物。

T7 RNA聚合酶

T7 RNA Polymerase

高效合成 mRNA

牛痘病毒加帽酶

Vaccinia Capping Enzyme

将 7- 甲基鸟苷酸帽子结构 (Cap0) 加到 RNA的 5' 端,提升 mRNA 稳定性及翻译效率,并且可降低 mRNA 的免疫原性

mRNA Cap-2'-O-甲基转移酶

mRNA Cap-2'-O-Methyltransferase

特异性将甲基化供体 SAM 的甲基转移至RNA 中的 Cap0 结构上形成 Cap1 结构,提升 mRNA 的翻译效率

Poly (A) 聚合酶

Poly(A) Polymerase

以 ATP 为底物对 RNA 的 3'- 羟基端添加腺苷酸形成 PolyA 尾部结构,可增加 mRNA稳定性及翻译效率,并且可以作为 Oligo dT纯化的靶点对 RNA 进行纯化,大肠杆菌重组表达 polyA 加尾酶

Rnasin (RNase 抑制剂)

RNase inhibitor 

通过特异性结合抑制 RNaseA,B,C 的活性,保护 RNA 不被降解,鼠源RNA 酶抑制剂

脱氧核糖核酸酶 I

DNase I

剪切单链或者双链 DNA 的核酸内切酶,可高效去除 DNA 模板

核糖核酸酶 III

RNase III

作用于双链 RNA(dsRNA),产物18-25bp的 siRNAs,且为 5'-PO4, 3'-OH,3' 端突出两个核苷酸,适合在哺乳动物细胞中进行RNAi。

T4 RNA 连接酶

T4 RNA ligase

ATP 依赖的连接酶,催化 5'- 磷酸和 3'-OH形成磷酸二酯键。可对 RNA 进行环化及 3'标记

无机焦磷酸酶(酵母)

Inorganic Pyrophosphatase (yeast) 

水解核酸扩增实验中产生的无机焦磷酸盐,避免其对反应体系的抑制,提升 IVT、PCR等反应产物产量

碱性磷酸酶

Alkaline Phosphatase

非特异性的催化 DNA 和 RNA 5' 和 3' 端去磷酸化,进一步降低 mRNA 的免疫原性




以上内容转载公众号:生物世界


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