SARS-CoV-2基因组揭示英国α、β变异体激增的动态

根据英国COVID-19 Genomics UK Consortium（COG-UK）公司的SARS-CoV-2基因组最新研究，英国的COVID-19经历了由不同的SARS-CoV-2毒株引发的多种流行病和亚流行病。

Wellcome Sanger研究所COVID基因组项目(COVID Genomics Initiative)负责人兼共同高级和共同通讯作者Jeffrey Barrett在一份声明中表示，“这些基因组监测数据为我们提供了一种观察疫情发展的全新方式，这教会了我们很多关于新的传染性的病原体如何传播和进化的知识。”

Jeffrey Barrett表示：“我的希望是，类似的基因组监测项目将在全世界得到发展，这样我们就能尽可能做好充分的准备，应对未来的传染病爆发——无论是熟悉的病原体还是新病原体。”

正如他们周四在《Nature》杂志上报道的那样，研究人员来自欧洲分子生物学实验室欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）、Wellcome Sanger研究所。从2020年9月初到2021年6月底，研究人员在英格兰315个当地卫生当局收集了近281,200株SARS-CoV-2分离株，并使用系统地理学分析和其他方法对它们的基因组序列进行了分析。

研究小组解释道，测序的病毒标本占该时间范围内鉴定的PCR阳性样本数量的7%以上，跨越了大约71个病毒谱系，并且随着时间的推移，其流行率不断变化。通过分析与地理区域相关的SARS-CoV-2基因组，研究人员能够追溯该国不同地区新毒株之间的流入、传播和相互作用。

EMBL-EBI和德国癌症研究中心的联合高级研究员和通讯作者Moritz Gerstung在一份声明中：“我们能够看到并排的谱系，及映射到特定的位置，在理解这一系列的流行病是如何展开方面具有令人难以置信的信息。”

作者同时指出，在更广泛的COVID-19大流行期间，COG-UK团队已经对近60万株 SARS-CoV-2分离株进行了测序。

他们解释道：“ 在同一时间，在相同的限制下，在可比人群中，我们的密集基因组监测分析确定了在每个地方卫生当局中始终比其他人增长更快的谱系。”

例如，在2020年秋季逐渐进入冬季时，研究人员发现SARS-CoV-2所谓的Alpha变体为代表性的有所上升，并且与之前广泛流传的谱系相比，这种变异体似乎更具传播性。尽管在2020年晚些时候出台了疫情限制措施，但Alpha变异株仍在继续传播，该病毒株似乎在2021年初的另一次更严格的全国“封锁”中被压制。

在Alpha变异体和其他领先的谱系被发现导致疫情封锁的地方，其他版本的病毒开始向前演变，通常是那些改变SARS-CoV-2尖峰蛋白的突变。与此同时，这些也在很大程度上被一个 "Delta" SARS-CoV-2 变异体所取代，该变异体获得了一个立足点，并随着疫情限制的放松而开始占主导地位。到6月底， "Delta" 在该地区检测的SARS-CoV-2 变异体中约占98%。

“这些数据显示，在 2020 年秋季，随着Alpha和Delta变异体在英格兰大陆的横扫，毒株呈现多样性，”作者报告表示，“具有相当高的遗传性的变异体具有最强的正选择性，并在本次调查的10个月期间横扫了英格兰。”

该团队指出，还需要更多的监测和分析，以保持对其他版本的变异病毒在人类宿主人群的标签，适应不断增加的免疫率。

“多亏了英国和国际上进行的基因组监测，很明显我们正在应对的病毒已经发生了很大的变化，自从我们在2020年3月监测到的一个变异体，”英国卫生安全局的COVID-19事件主管兼共同作者Meera Chand在一份声明中表示，“我们将继续监测 SARS-CoV-2病毒，以确保我们能够使用最有效的疫苗、治疗药物和实施公共卫生措施来对抗当前和未来的SARS-CoV-2变异体。”

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