ATAC-seq技术为何频上顶刊?——详解染色质表观遗传学研究的利器

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关键词: 遗传
资讯来源:iNature
发布时间: 2023-03-24
ATAC-seq,全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughout sequencing,即转座酶可接近染色质测序,是一种创新的表观遗传学研究技术。ATAC-seq的核心技术酶--转座酶Tn5可以把DNA序列进行随机打断,将测序接头直接插入到开放区的双链DNA中,将DNA片段化,打断DNA产物经过后续提取与PCR扩增,得到二代测序文库。
2013 年以来,PubMed 上与 ATAC-seq 直接关联文章搜索达 6,800 余篇,其中不乏 Nature、Science 等顶级期刊杂志。
2022年,清华大学药学院院长丁胜教授及其团队于Nature 上发表了名为"Induction of mouse totipotent stem cells by a defined chemical cocktail"的研究成果,在这项研究中首次发现了能在非生殖细胞中诱导和长期维持全能干细胞的药物组合——TTNPB、1-Azakenpaulone和WS6(缩写为TAW)。通过这个药物组合诱导成的全能干细胞在转录组、表观基因组和代谢组水平上与小鼠全能2C胚胎期细胞高度相似,并且具有双向发育潜力,能够在体外和畸胎瘤中产生胚胎和胚外细胞。该研究证明了从非生殖细胞体外产生全能干细胞的可行性,并提供了一个细胞系统,以更好地操纵和理解细胞的全能状态,从而从非生殖细胞中创造生命。
北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)汤富酬教授团队2022年在Cell Research 上发表了题目为"scNanoATAC-seq: a long-read single-cell ATAC sequencing method to detect chromatin accessibility and genetic variants simultaneously within an individual cell"的文章,该文章首次报道了基于三代测序平台(单分子测序平台)的单细胞染色质可及性测序技术,命名为scNanoATAC-seq。该技术整合了长读长单分子测序平台(三代纳米孔测序技术)和单细胞染色质可及性测序技术(scATAC-seq:Single cell Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing)的优势,实现了在一个单细胞中同时检测染色质可及状态以及基因组结构变异。
浙江大学生命科学研究院祝赛勇团队2022年在Science Advances 发表了 题目为"Human expandable pancreatic progenitor–derived β cells ameliorate diabetes"的研究成果,该研究首次建立了人胰岛前体细胞长期稳定高效扩增的培养体系,通过扩增培养获得的人胰岛前体细胞能够进一步快速高效地分化为具有生理功能的人胰岛细胞,联合ATAC、CUT&Tag、ChIP等多组学技术探究人胰岛前体细胞可高效扩增的内部分子调控机制,实质性优化了大量制备具有生理功能的人胰岛细胞及胰岛类器官的技术难题。这些文章中ATAC-seq技术(分析试剂盒来自近岸蛋白)被广泛应用于各个领域的研究,涵盖细胞调控和分化,染色质状态变化和基因同源重组等。
ATAC-seq技术具有泛用性,可以应用于多种模式生物和各种机制研究,因此ATAC-seq技术越来越受到广大科研人员的关注,很多相关问题也应运而生。表观遗传学研究该怎么设计实验?实验技术怎么选择?ATAC-seq实验怎么做效果好?建库和测序技术怎么选择?如何进行数据处理和结果分析?
针对以上热门科研问题,我们非常荣幸地邀请到了中山大学的丁俊军教授、诺禾致源的高级产品经理丁晓敏以及近岸蛋白产品应用技术专家马胜,分别围绕染色质调控机制、ATAC-seq生信数据分析和应用案例解析以及实验技术和操作细节等主题,分享最新的研究进展和研究心得。讲座预约通道已开启,欢迎报名参加,获取更多关于表观遗传学研究的前沿动态。


本次云论坛的演讲主题

1

干细胞命运的染色质三维结构调控

2

ATAC-seq技术生信数据挖掘点与应用案例解析

3

ATAC-seq技术方案与实验操作细节讲解


直播时间

2023年03月29日 19:00-20:50


直播日程

扫描海报二维码,提前注册参会,“近岸蛋白”公众号将在讲座开始前通知您参会。


演讲嘉宾简介

丁俊军

中山大学教授、博士生导师

2009年6月毕业于北京生命科学研究所,获理学博士学位。后于2009年9月开始在美国西奈山医学院进行博士后研究至2015年底。研究工作主要集中在胚胎干细胞、体细胞重编程和早期胚胎发育的相分离、表观遗传和染色质高级结构的调控机制,以及利用iPS细胞建立肿瘤疾病模型等生物医学领域,已在国际著名期刊以通讯或第一作者发表论文12篇(IF>20的5篇),包括Nature、Cell Stem Cell(两篇)、Cell Research(两篇)、Genome Biology、Stem Cell Reports、Protein Cell 等,成果被Nature Structural & Molecular Biology 杂志评为年度关键进展。


丁晓敏

北京诺禾致源科技股份有限公司 高级产品经理

毕业于华南农业大学国家重点实验室兽医药理学专业,具有多年科研项目管理经验,曾任职诺禾致源研究合作中心项目经理,现任职全球科服产品中心高级产品经理,致力于表观遗传与调控领域产品与技术的研发与推广,包括但不限于ATAC-seq、CUT&Tag、Hi-C、翻译组等众多热点产品。


马胜

苏州近岸蛋白质科技股份有限公司 产品应用技术专家

毕业于武汉大学,生物学专业,发表SCI论文2篇。曾从事NGS产品研发工作。2019年加入近岸蛋白后,负责产品的对外培训和技术支持工作。实地指导CUT&Tag和ATAC-seq实验数十场,具有丰富的产品应用经验。


苏州近岸蛋白质科技股份有限公司(简称近岸蛋白)深耕重组蛋白行业十余年,是一家专注于蛋白质技术与应用解决方案的高新技术企业,主营业务为生物药、体外诊断、mRNA疫苗药物、生命科学基础研究等领域的原料与技术解决方案,包括靶点及因子类蛋白、重组抗体、酶及试剂的研发、生产和销售及相关技术服务。公司在上海、苏州和菏泽建有研发、生产基地。

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