即将开播｜纳米孔测序癌症研究应用进展系列1——血液肿瘤

测序技术在临床研究中的广泛应用使人们对基因组学在人类健康中的作用有了前所未有的认识。在这些应用当中，绝大多数采用了短读长测序技术。然而，短读长测序技术限制了人们对大量致病基因变异的研究，例如结构变异，重复序列，定相，融合转录本，可变剪切，及碱基修饰等。纳米孔测序为全景解析人类基因组变异提供了高准确度、快速、可及的解决方案。

那么，纳米孔测序癌症研究应用进展如何？5月18日，我们邀请到美国肯塔基大学和北卡罗来纳大学的研究人员，为大家分享他们利用纳米孔测序进行血液肿瘤研究的案例！（注：此次分享会为英文演讲）

嘉宾简介

Jessica Blackburn

肯塔基大学 生物化学教授

JESSICA BLACKBURN教授专注于研究儿童癌症的发展及化疗耐药性。她带领团队结合斑马鱼模型、生化技术和病人样本，研发治疗白血病和脑肿瘤的新药物，并获得美国国立卫生研究院（NIH）创新者奖及美国国家癌症研究所（NIC）优秀奖。

来自美国肯塔基大学的研究团队开发了一个简单的Nanopore测序工作流程：从患者样本中提取cfDNA，对BCR区域进行PCR扩增，并使用纳米孔测序对VDJ重排进行分析。Nanopore测序能够识别出MRD的患者，并持续跟踪克隆对治疗的反应。这种技术还可用于识别脊髓液中含有与白血病相关的cfDNA的患者。这是cfDNA首次用于研究监测ALL患者的CNS疾病。研究人员说，“我们可以检测到它，光这一点就很令人兴奋了”。

发表文献：

Nanopore sequencing methods detect cell-free DNA associated with MRD and CNS infiltration in pediatric Acute Lymphoblastic Leukemia

DOI: https://doi.org/10.1101/2021.09.27.462067

Jeremy Wang

北卡罗来纳大学 遗传学教授

JEREMY WANG教授带领实验室运用高性能计算方法，尤其是长读长测序技术，对高通量序列数据进行有效分析。其将一系列分析工具应用于：从头测序、系统基因组学、微生物种群表征，基因表达以及全长转录组异构体分析。

研究人员通过对使用纳米孔测序得到的低深度、全长转录组数据，与短读长测序数据进行比较分析—即使是使用高度降解的RNA，纳米孔转录组数据也可以达到相似或更高的分型效果。对134组纳米孔全长转录组数据进行分析结果显示：可准确区分AML, B-ALL, 和T-ALL，且可进一步准确分型至可干预的临床亚型。研究人员仍在不断优化整体实验流程，并与在马维拉、巴基斯坦、萨尔瓦多共和国等地的合作方建立了国际合作，以评估在当地部署该方案的可行性及效果。

发表文献：

Acute Leukemia Classification Using Transcriptional Profiles From Low-Cost Nanopore mRNA Sequencing

DOI: 10.1200/PO.21.00326

扫码报名：